Kurze Begriffserklärung.
Die GPU (Graphics Processing Unit) ist der Grafikprozessor, nur der Prozessor, und nicht die ganze Grafikkarte. Damit ist also nur der große rechteckige Chip bezeichnet. Das ganze Teil, die kompltte Platine, bezeichnet man als Grafikkarte, kurz GraKa.
Wenn du also irgendwo auf der GPU tatsächlich Pads drauf kleben hast ist irgend etwas komplett schief gelaufen.
Nun zum Sinn und Zweick von Paste und Pads.
Berühren sich zwei Metallteile direkt und flächig wird meist Wärmeleitpaste (WLP) verwendet, denn in diesem Fall müssen nur mikroskopische Uebenheiten ausgeglichen werden. Wärmeleipads (Pads) werden dann verwendet, wenn die zu kühlenden Bauteile keinen direkten Kontakt zum Kühlkörper haben und somit ein Abstand überbrückt werden muss.
Die GPU sollte direkten Kontakt zum Kühlkörper haben und daher kommt hier WLP zum Einsatz. Die restlichen Komponenten, wie vRAM und Spannungswandler, sollten i.d.R. keinen direkten Kontakt haben und werden mittels Pads mit dem Kühlkörper verbunden.
Der Vorteil bei diesem Aufbau ist der höhere Anpressdruck auf die GPU, den diese ist das primäre Kühlungsziel.
Säubere nochmals die Grafikkarte und den Kühlkörper. Nun baue beides außerhalb des Laptoops ohne WLP und Pads zusammen und kontrolliere ob der Kühlkörper überhaupt vollflächigen Kontakt zur GPU hat. Nur über die vier Schrauben und die GPU darf es zu direktem Kontakt kommen.
Berühren sich die GraKa und der Kühler noch an weiteren Stellen kann nicht ausreichend Anpressdruck entstehen. Zu dieser Vermutung komme ich da du berichtest, dass du beim letzten Versuch ein wenig WLP auf die GPU aufgetragen hast und nach dem Zusammenbau nichts davon am Kühlkörper zu sehen war. Dies lässt darauf schließen, dass es zu keinem direkten Kontakt kommt.
In welcher Region wohnst du?
EDIT:
Im Anhang befindet sich nun das markierte Bild der Grafikkarte wo was hingehört.
Es ist übrigens egl ob die Pads nun am Kühler oder an den zu kühlenden Komponenten kleben. Solange sie an der richtigen Stelle sind transportieren sie auch die entstehende Wärme.