Ich denke du wirst hier etwas konkreter werden müssen. Wie ist der Wortlaut dieser Fehlermeldungen? Eventuell kannst du von diesen mal ein Screenshot erstellen, oder wenigstens abfotografieren. Was passiert mit der 3D-Anwendung, wenn die Fehlermeldung auftaucht. Kommt es zum Leistungsabfall oder direkt zum Absturz (der Anwendung)?
Der AGA ist Hotplug-fähig und die Verbindung kann durchaus im eingeschalteten Zustand auf und auch getrennt werden. Ein Hardwaredefekt wird nicht zu erwarten sein. Um auf Nummer sicher zu gehen, sollte mittels Tastenkombination [FN] + [F1] (auf dieser Taste ist das AGA Symbol abgedruckt) der Modus umgeschaltet werden und das System auf die bevorstehende Trennung "vorbereitet" werden.
Ich habe bei meinem Setup damals - mittlerweile besitze ich den AGA nicht mehr - die Erfahrung gesammelt, dass die vollständige Erkennung im Command Center nur dann zur erfolgte, wenn der in einer vorherigen Sitzung getrennte AGA dann im laufenden Betrieb wieder angeschlossen wurde ... also nicht zusammen kalt starten lassen. Wenn man die Verbindung nicht trennte, konnte man beim nächsten Mal ganz normal beide Geräte zusammen booten lassen. Der stationäre Betrieb war so völlig unkompliziert.
Das ist eher meine Vermutung. Das Kabel und die physische Verbindung im Besonderen ist die absolute Achillesverse des Systems. Der Stecker und die Kontakte sind äußerst filigran und für einen ständigen Wechsel überhaupt nicht ausgelegt.
Schau dir mal die Kontakte an, ob du etwas Auffälliges erkennen kannst. Wie hast du den AGA und den Laptop aufgebaut? Ist das Kabel "stark" gebogen und besteht die Gefahr, dass es im Betrieb bewegt wird?